Методика CUT&Tag

CUT&Tag (Cleavage Under Targets and Tagmentation) — это современная методика эпигеномного профилирования, позволяющая изучать взаимодействия белков с ДНК на уровне всего генома.
Метод был разработан в 2019 году лабораторией Стивена Хеникоффа и быстро завоевал популярность благодаря высокой чувствительности и эффективности.


Принцип работы

Метод основан на использовании антител и фермента Tn5-транспозазы:
Пермеабилизация клеток — интактные клетки или ядра обрабатывают дигитонином для доступа антител к хроматину.
Инкубация с антителами — первичное антитело связывается с целевым белком (гистоновой модификацией или транскрипционным фактором), затем добавляется вторичное антитело.
Связывание pA-Tn5 — химерный белок (протеин A, слитый с Tn5-транспозазой, предварительно нагруженной адаптерами для секвенирования) присоединяется к антителам.
Тагментация — при добавлении Mg²⁺ Tn5 активируется и производит разрезание ДНК вблизи сайта связывания белка, одновременно встраивая секвенировочные адаптеры.
Амплификация и секвенирование — полученные фрагменты ДНК амплифицируют ПЦР и секвенируют.


Ключевые преимущества

Работает с 60–100 клетками, подходит для редких популяций.
Низкий фон благодаря работе in situ без кросс-линкинга.
Достаточно 2–5 млн ридов против 20–50 млн для ChIP-seq.
Протокол занимает 1–2 дня, без этапов фиксации и соникации.
Отсутствие формальдегидной фиксации сохраняет эпитопы антител.